W postępowaniu dotyczącym przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych stosuje się procedurę karną.
Za podejrzanego uważa się osobę, co do której wydano postanowienie o przedstawieniu zarzutów albo której bez wydania takiego postanowienia postawiono zarzut w związku z przystąpieniem do przesłuchania w charakterze podejrzanego.
Za oskarżonego uważa się osobę, przeciwko której wniesiono oskarżenie do sądu, a także osobę, co do której prokurator złożył wniosek o warunkowe umorzenie postępowania.
W postępowaniu o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe podejrzany oraz oskarżony korzystają z tych samych praw co podejrzani i oskarżeni w postępowaniach o przestępstwa powszechne.
Postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe prowadzą finansowe i niefinansowe organy postępowania przygotowawczego.
Finansowe organy postępowania przygotowawczego pełnią funkcję oskarżycieli publicznych w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe występując w postępowaniu przed sądem, w związku z czym scedowano na nie szereg uprawnień, którymi w postępowaniu karnym dysponuje prokurator. W sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe postępowanie może być prowadzone w trybie zwyczajnym lub uproszczonym. Postępowanie w trybie zwyczajnym stosuje się w sprawach, w których prowadzone jest śledztwo. Z kolei śledztwo prowadzi się w sprawach o przestępstwa skarbowe:
1. popełnione w warunkach nadzwyczajnego obostrzenia kary,
2. jeżeli osobą podejrzaną jest sędzia, prokurator, funkcjonariusz Policji, Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Agencji Wywiadu lub Centralnego Biura Antykorupcyjnego,
3. jeżeli osobą podejrzaną jest funkcjonariusz Straży Granicznej, Żandarmerii Wojskowej, finansowego organu postępowania przygotowawczego lub organu nadrzędnego nad finansowym organem postępowania przygotowawczego,
4. jeżeli oskarżony lub osoba podejrzana jest pozbawiona wolności w tej lub w innej sprawie, chyba że zastosowano zatrzymanie lub tymczasowe aresztowanie wobec sprawcy ujętego na gorącym uczynku lub bezpośrednio potem,
5. jeżeli zachodzą okoliczności, w których oskarżony musi posiadać obrońcę.
W trybie uproszczonym prowadzi się natomiast postępowania przygotowawcze w sprawach o wszystkie wykroczenia skarbowe oraz o przestępstwa skarbowe, w których nie ma obowiązku prowadzenia śledztwa. Ponadto w postępowaniu uproszczonym, w razie istnienia podstaw do wniesienia aktu oskarżenia, finansowy organ postępowania przygotowawczego sporządza go i wnosi do właściwego sądu oraz popiera go przed tym sądem. Zasadą jest również udział przedstawiciela finansowego organu postępowania przygotowawczego, który wniósł akt oskarżenia, w rozprawie przed sądem. Obowiązek ten rozciąga się również na rozprawy w sądzie odwoławczym.
W sprawach o przestępstwa skarbowe podlegające rozpoznaniu w postępowaniu zwyczajnym finansowy organ postępowania przygotowawczego w ciągu 14 dni od zakończenia śledztwa sporządza akt oskarżenia i przesyła go wraz z aktami prokuratorowi, przekazując jednocześnie dowody rzeczowe. Akt oskarżenia zatwierdza i wnosi do sądu prokurator.
